Khung chính sách mới cho phép doanh nghiệp được trừ chi phí nghiên cứu và phát triển ở mức cao hơn thực chi, tối đa tới 200%, khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN. Đây là hình thức khuyến khích đầu tư R&D bằng công cụ thuế.
Một trong những ưu đãi đáng chú ý nhất của khung chính sách khoa học công nghệ mới là cơ chế khấu trừ bổ sung chi phí nghiên cứu và phát triển khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Theo định hướng chính sách, doanh nghiệp có thể được trừ chi phí R&D ở mức cao hơn số thực chi, với mức tối đa lên tới 200% chi phí thực tế, khi xác định thu nhập chịu thuế.
Ý nghĩa của cơ chế này có thể hiểu đơn giản qua ví dụ: nếu doanh nghiệp chi 1 tỷ đồng cho hoạt động nghiên cứu và phát triển đủ điều kiện, thay vì chỉ được trừ 1 tỷ đồng như chi phí thông thường, doanh nghiệp có thể được trừ tới 2 tỷ đồng khi xác định thu nhập tính thuế. Phần được trừ vượt trội chính là khoản ưu đãi mà nhà nước dành cho hoạt động đầu tư vào công nghệ và tri thức.
Đây là công cụ khuyến khích được nhiều quốc gia phát triển áp dụng dưới tên gọi super deduction (khấu trừ vượt trội) cho R&D. Ưu điểm của công cụ này so với hỗ trợ trực tiếp bằng tiền là nó tự động, minh bạch và gắn với chi tiêu thực tế: doanh nghiệp càng đầu tư nhiều cho nghiên cứu thì càng được giảm nghĩa vụ thuế, không cần qua thủ tục xin cấp phát kinh phí.
Tuy nhiên, để được hưởng, doanh nghiệp cần đáp ứng điều kiện về phạm vi hoạt động được coi là nghiên cứu và phát triển, cũng như yêu cầu về hồ sơ, chứng từ. Không phải mọi khoản chi gắn mác công nghệ đều được tính. Doanh nghiệp cần bóc tách rõ chi phí R&D khỏi chi phí sản xuất kinh doanh thông thường, lưu giữ tài liệu chứng minh nội dung nghiên cứu, nhân sự tham gia, kết quả đạt được.
Doanh nghiệp nên thiết lập hệ thống ghi nhận chi phí R&D ngay từ đầu kỳ, thay vì cố gắng bóc tách hồi tố khi quyết toán. Việc mã hóa các khoản chi theo dự án nghiên cứu, gắn với hợp đồng lao động của nhân sự kỹ thuật, hóa đơn mua vật tư thí nghiệm, chi phí thuê ngoài nghiên cứu, sẽ giúp hồ sơ minh bạch và bền vững khi cơ quan thuế rà soát.
Cơ chế khấu trừ bổ sung R&D nên được nhìn cùng với quyền trích lập Quỹ phát triển khoa học công nghệ tối đa 20% thu nhập tính thuế. Khi kết hợp, hai công cụ tạo thành một gói ưu đãi thuế mạnh, giúp giảm đáng kể chi phí thực của hoạt động đổi mới. Doanh nghiệp nên tham vấn chuyên gia thuế để tối ưu hóa việc áp dụng theo đúng quy định hướng dẫn hiện hành.
Nguồn tham khảo: Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025; Luật Khoa học, Công nghệ và Đổi mới sáng tạo số 93/2025/QH15; Nghị định 265/2025/NĐ-CP; Nghị định 268/2025/NĐ-CP.